Fue fundado en 1301 por Don Alonso Pérez de Guzmán “el Bueno” y su esposa Doña María Alonso Coronel, con el objetivo de convertirse en el panteón familiar de los Guzmanes andaluces. Su custodia fue entregada a la Orden del Císter, quien lo gestionó hasta 1431, año en el sería sustituida por los jerónimos ermitaños de Lope de Olmedo (conocidos a partir de entonces como “isidros”). En este período se conforma la zona de acceso (actual Claustro de los Evangelistas), así como un amplio programa decorativo de los espacios monacales.
El edificio medieval se compone de dos iglesias góticas de una nave, la fundacional de Guzmán “el Bueno” y la construida pocos años más tarde por su hijo Don Juan Alonso. A estos espacios de culto se suma el edificio monacal, situado sobre el frente sur de la iglesia fundacional y organizado en torno al Claustro de los Muertos, conocido así por ser el lugar de enterramiento de los monjes a partir de la época “isidra”. El monasterio albergó asimismo otros enterramientos destacados aparte de los de los miembros de la familia Guzmán, y así por ejemplo acogió durante varios años los restos de Hernán Cortes, antes de su traslado a México.
En su momento poseyó una importante biblioteca y se hizo aquí la primera traducción de la Biblia al español, la llamada Biblia del Oso.
A mediados del siglo XVI se acomete en San Isidoro una de las primeras traducciones al castellano de la Biblia, proyecto que terminaría por acarrear la intervención de la Santa Inquisición en 1558, y la huida de algunos de los responsables, destacando los frailes Casiodoro de Reina y Cipriano de Valera. Reina continuó los trabajos, publicando la traducción (conocida como “Biblia del Oso” por la ilustración de su ex libris.
Tras el episodio reformista, el monasterio pasaría a la Orden Jerónima, realizándose varias transformaciones de los espacios litúrgicos y monacales, entre las que destacan la construcción a comienzos del siglo XVII del retablo de la iglesia fundacional, obra ejecutada por el escultor sevillano Juan Martínez Montañés, responsable asimismo de la excepcional talla de San Jerónimo situada en su calle central. En esta época se redecora asimismo la Sala Capitular y otros espacios del monasterio, acentuando su papel como una de los principales focos de la Contrarreforma en la zona sevillana.
El monasterio siguió en activo hasta la desamortización de 1834, momento en que los frailes abandonan el edificio. La actividad monacal se retomaría brevemente en 1956, finalizando definitivamente en 1978. Actualmente el antiguo monasterio forma parte de la red de Enclaves Culturales gestionada por la Junta de Andalucía.
El recorrido visitable incluye la práctica totalidad del antiguo monasterio medieval, comenzando por la iglesia de Don Juan Alonso Pérez de Guzmán (iglesia “nueva”), una espectacular nave gótica que reproduce el edificio adyacente (iglesia “vieja” o fundacional) construido por su padre, Guzmán “el Bueno”. En la iglesia fundacional puede contemplarse el espectacular retablo diseñado en el siglo XVII por Juan Martínez Montañés, así como el San Jerónimo tallado por el propio maestro. Destaca asimismo el coro, íntegramente restaurado y que es uno de los pocos coros monacales que se conservan en el entorno.
Desde la iglesia fundacional se accede al Claustro de los Muertos, en torno al que se organiza el resto de las dependencias monacales: Claustro de los Evangelistas, Refectorio, Sacristía y Sala Capitular. En los claustros puede apreciarse su arquitectura mudéjar, así como las magníficas decoraciones murales de la época “isidra” (siglo XV). En el Refectorio destaca la monumental “Última Cena”, en la Sala Capitular las pinturas murales y en la adyacente “Capilla del Reservado” el pequeño retablo de la Virgen María, obra asimismo de Martínez Montañés. Mención singular merece la pequeña celda conocida como “Celda del Prior”, con una magnífica armadura polícroma y en la que se conserva una reproducción de la Biblia del Oso.
